Parafia w Mrocznie należy do średniowiecznych. Założyli ją biskupi chełmińscy krótko po 1260 r. Pierwsza wzmianka o niej pochodzi z 1335 r., kiedy to w źródle wymieniony został proboszcz Mikołaj, kapelan i sekretarz biskupa Ottona (1323 – 1349). Wieś Mroczno i znajdujący się w niej kościół bardzo ucierpiały w czasie wojny polsko –krzyżackiej w 1414r. Parafia zdołała jednak utrzymać swoją samodzielność. Została nawet powiększona. Na skutek szkód wyrządzonych przez tę samą wojnę do parafii w Mrocznie został przyłączony kościół we Wlewku jako filialny.

Wizytacja kanonika Strzesza (wizytator biskupa Andrzeja Olszowskiego 1662- 1674) z 1667r. stwierdzała, że we wsi dawniej był kościół wielkich rozmiarów, o czym świadczyły resztki fundamentów. Był to pierwszy kościół mroczeński.

Drugi kościół we wsi został wybudowany w 1589 r., staraniem ówczesnego proboszcza Jana de Prasnica, za czasów biskupa chełmińskiego Piotra Kostki (1574 – 1595). Wielki ołtarz w tym kościele został wzniesiony w 1595 r. i sfinansowany przez ówczesnego proboszcza Alberta z Biezuna. Fundatorem dwóch bocznych ołtarzy, kazalnicy i chóru był Jakub Kowalkowski. Patronat nad kościołem sprawowała kapituła. Kościół miał prawdopodobnie od początku wezwanie św. Mateusza Apostoła. Za czasów biskupa Piotra Tylickiego (1595 – 1600) dodano jeszcze św. Małgorzatę.

W drugiej połowie XVI w. w skład okręgu parafialnego wchodziły następujące miejscowości: Kowaliki, Kroczek, Mroczno, Straszewy, Sugajenko i Trzcin.

Jak wynika z materiałów wizytacyjnych Strzesza, we wsi była szkoła parafialna z dużym ogrodem. Parafian mroczeńskich liczono na 200 osób. Kolejna wizytacja, biskupa Teodora Andrzeja Potockiego (1699 – 1712) z 1706r., dostarcza między innymi informacji, że w dzwonnicy znajdowały się trzy dzwony.

Trzeci w kolejności kościół w Mrocznie wybudowano w 1732 r. Wykorzystano przekazanie na ten cel środki zmarłego w 1730 r. biskupa Feliksa Ignacego Kretkowskiego (1723 – 1730). Przy nowej, również drewnianej świątyni pozostała stara dzwonnica oraz trzy ołtarze, przeniesione ze starego, poprzedniego kościoła. Za proboszcza ks. Michała Makowskiego w 1884r. zostało odnowione wnętrze kościoła, zainstalowano nowe organy i drogę krzyżową. W pokrytej cynkiem wieży znajdowały się cztery dzwony: największy z napisem: Beate Mariae Virginis-Jacobus Kowalkowski, Anno Domini 1640. Episcopus Culmen et. Pom. Casparus a Działyn (Działyński) Dei Gra, drugi nie miał żadnego napisu, na trzecim napisano: Soli (Deo) Gloria 1808. Franz Szczepański. Proboszcz. Herbst fecit, czwarty ozdobiony był napisem: Joh. Rozwadowski, Parochus in Mroczno. Fulnera frango, mortuos plango, vivo voco. Me fecit Collier in Strasburg 1857.

Kolatorem kościoła był biskup chełmiński, a po sekularyzacji dóbr, zgodnie z zarządzeniem z dnia 1 IX 1848r., ustanowiono nad kościołem mroczeńskim patronat mieszany, sprawowany przez biskupa chełmińskiego w parzystych miesiącach roku oraz w nieparzystych miesiącach przez rząd pruski.

W 1867 r. w skład mroczeńskiego okręgu parafialnego (2155 wiernych) wchodziły następujące miejscowości: Mroczno (531 katolików), młyn Wąs (19), Mroczenko (309), Sugajenko (202), Tama (57), Trzcin (196), Aleksandrowo (33), Straszewo (140) Fijewo (18), Kowaliki (200) oraz przyłączony w 1789 roku jako filia okręg kiełpiński: Kiełpiny, Kłodzina, Wasioły, Rynek, Żabiny. W 1884 r. na tym terenie mieszkało 2869 wiernych.

Proboszcz ks. Michał Maliński, mając na uwadze dobro duszpasterskie, ustanowił w roku 1908 samodzielnego duszpasterza dla Kiełpin.

Wspomniane wcześniej wizytacje biskupie wymieniają również nazwiska zasłużonych proboszczów. Byli to m. in. : Stanisław Wojski z diecezji gnieźnieńskiej (1667r.), Łukasz Czoler (1706r.) i Franciszek Naguszewski (1740r.).

W okresie nowożytnym przy kościele istniała szkoła parafialna. Źródła informują, że szkoła funkcjonowała od połowy XVII w. W 1674 i 1706r. wymieniona jest szkoła z nauczycielem . w 1740 i 1787r. funkcję nauczyciela pełnił organista. W 1884 r. do szkoły katolickiej w Mrocznie, której nowy budynek powstał w 1876 r., chodziły również dzieci z Wąsów (101 uczniów). Szkoła miała dwie klasy i uczęszczało do niej 180 dzieci. Na terenie parafii były jeszcze szkoły w: Mroczenku, Kiełpinach, Fijewie.

W okresie I wojny światowej w sierpniu 1914 r. wojska carskie wkroczyły do ziemi lubawskiej, zajmując na krótko m. in. Mroczno. W późniejszym okresie nie było już żadnych starć na interesującym nas terenie.

Wojsko polskie przywróciło ziemię lubawską w granice odradzającej się II Rzeczpospolitej w styczniu 1920 r. W okresie międzywojennym Mroczno należało do powiatu lubawskiego (1920 – 1932) i nowomiejskiego (1932 – 1939). Parafia należała do dekanatu lidzbarskiego.

W 1928 r. na terenie mroczeńskiej parafii były następujące szkoły powszechne: Mroczno – pięcioklasowa (185 dzieci) oraz dwuklasowe w Mroczenku (69),Sugajenku (87) i Trzcinie (82).

W tym samym roku na terenie parafii mieszkało 3096 wiernych: Mroczno (1352), Mroczenko (494), Sugajenko (512), Straszewy (138), Trzcin (414) i Kowaliki (186). W obrębie parafii mieszkało ogółem 3148 osób, w tym 1096 Polaków (katolików) i 52 Niemców (ewangelików).

W 1936 r. zbudowano nowy kościół pod wezwaniem Najświętszego Serca Pana Jezusa, istniejący do dnia dzisiejszego.

W latach II Rzeczpospolitej na terenie parafii działały następujące bractwa i stowarzyszenia: Żywy różaniec, założone 15 VIII 1869 r., Bractwo Trzeźwości – 22 X 1855r., Stowarzyszenie Dzieci Marii – 8 XII 1922r., Apostolstwo Modlitwy – 3 IX 1899r., Arcybractwo Przenajświętszego Sakramentu – 1 III 1925r., oraz Stowarzyszenie Matek i Młodzieży Katolickiej.

25 III 1992 roku został ustanowiony nowy podział przez Ojca św. Jana Pawła II nowy podział administracyjny polskich diecezji. Parafia Mroczno została włączona do Diecezji Toruńskiej. W czasie II wojny światowej proboszczem parafii był ks. Walerian Siegmund, który zamieszkiwał w skrawku plebanii okupowanej przez niemiecką policję. Od 1948 do 1968 roku duszpasterzował ks. Alfons Kropidłowski. Jako obozowiec niemieckich lagrów zachorował, przeszedł na emeryturę i zamieszkiwał początkowo w Mrocznie, potem w Kościerzynie gdzie zmarł. Od 1968 do 1976 roku duszpasterzował ks. Kazimierz Błędzki (poprzednio w sąsiednich Gwiździnach). Po nagłej śmierci ks. Błędzkiego – od 1976 do 1980 roku – duszpasterzował ks. Jerzy Deja. Zmodernizował wnętrze świątyni oraz dostosował je do wyborów soborowych. Od 1980 roku proboszczem parafii jest ks. Kazimierz Kelpin. W tym czasie podjęto kontynuację rozpoczętych prac w kościele, między innymi malowanie kościoła przez p. mgra Henryka Delińskiego z Gdańska. Wykonał on polichromię całego kościoła. Wyłożono także marmurem posadzkę całego kościoła.. Witraże okienne wykonał p. Leon Jędrzejewski z Torunia. W latach 1992 – 1994 zmieniono pokrycie dachu kościoła – eternit zastąpiono blachą miedzianą. W latach 1993 – 1996 wybudowano nowy dom parafialny. W 2005 roku został wybudowany dom pogrzebowy przy kościele na starym cmentarzu. Od 2001 roku, po nowym podziale dekanatów Diecezji Toruńskiej, Mroczno należy do dekanatu Rybno.

Od dnia 15.08. 2016 roku Proboszczem Parafii został mianowany ks. kanonik Sławomir Zedlewski, który przyszedł z Parafii Radoszki , gdzie pracował, jako Proboszcz przez 15 lat.